Les personnages reprennent conscience péniblement, alités confortablement dans les chambres d’une vieille auberge à l’écart de Paris. C’est en fait leur compagnon Rodrigue de Zamora qui les a récupérés gisant inconscients dans les débris du monastère. Les personnages font le point en compagnie de Theodorus : Rodrigue a aussi récupéré une lettre sur la dépouille du sieur De Fontable. Cette missive était un ordre de mission pour le spadassin lui demandant de mettre la main sur Benito di Piedra Sangra, un moine espagnol détenant à priori des informations capitales. La lettre mentionne aussi les « Gris Manteaux » sans en préciser plus. Les personnages décident de retrouver le vieux moine avant les Servants du Saint Père. Par chance, le compagnon Benito semble connaître le vieux moine et pourrait avoir une piste.

Alors qu’ils sont en train de deviser autour d’un bon repas, l’auberge est subitement attaquée par une forte troupe. Des flèches enflammées sont tout d’abord tirées de l’extérieur, puis une fenêtre vole en éclats par l’arrivée d’un énorme monstre dans la pièce : un Gauecko, sorte de chien démoniaque crachant des flammes. Theodorus décide de rester sur place pour permettre aux personnages de s’enfuir par un passage secret. Au terme d’un souterrain humide, ils déboulent dans une écurie où des chevaux et de l’équipement les attendent. Au loin, l’auberge n’est plus qu’une gigantesque torche enflammée.

Arrivés sur Paris, et installés dans une auberge discrète, les personnages se lancent sur la piste du vieux moine. Alors que Lassigny essaie de contacter ses indicateurs, Benito se rend chez son ami le frère Augustin. Celui-ci lui apprend que le vieux moine est passé le voir récemment et qu’il lui a probablement laissé un message chez lui En effet, Benito y découvre un message sibyllin mentionnant uniquement le nom de Julien Offray de la Mettrie. Après une visite à la bibliothèque royale, Benito apprend qu’il s’agit du dernier membre d’une illustre famille d’architectes de Paris. C’est dans un des livres consultés par le vieux moine qu’ils découvrent aussi un énigmatique morceau de papier portant les mots « Les Siècles ». De plus ils apprennent que le vieux moine était à la recherche d’un bon apothicaire.

Après avoir rendu visite à plusieurs apothicaires, c’est chez Ismaël de Samarie qu’ils apprennent que Di Piedra Sangra est passé prendre une liste d’ingrédients très spécifiques. Rodrigue identifie ces ingrédients comme correspondant à la composition d’un puissant révélateur de messages cachés. Un autre morceau de papier est découvert portant les mots « de Notre Dame ». Benito comprend alors qu’il s’agit en fait des célèbres Centuries de Nostradamus.

Une courte recherche leur apprend que l’un des spécialistes de ces prophéties est le Comte de Lisle, un poète philosophe. Chez lui, un autre papier est découvert : il porte les mots « vous prédiront ». De plus le Comte leur indique que la prochaine étape du moine était d’aller voir un astronome car il voulait éclaircir certains détails cosmologiques des prophéties.

Parallèlement, Lassigny obtient un rendez-vous avec deux de ses contacts qui souhaitent le rencontrer le soir même à la taverne du Cochon Egorgé. Le groupe s’y rend donc non sans méfiance. Dans ce bouge infâme ils apprennent que les Gris Manteaux sont une organisation très secrète qui opère en marge du Roi Pourpre qui dirige la Cour des Miracles. Peu après les personnages tombent dans un guet-apens : des assassins en gris les attendaient dans la taverne et se lancent à l’attaque. La rixe dégénère vite en bagarre générale où les balles et les bouteilles vides commencent à voler bien bas. Par une série d’acrobaties et de passes d’armes impressionnante, François parvient à se débarrasser de nombreux adversaires. Cependant à l’extérieur Rodrigue est provoqué en duel par Guy de Meaulais, un terrible assassin. Alors que le duel tourne en faveur de l’hidalgo, le spadassin invoque un rituel maléfique qui permet de relever les morts. Il profite alors de la confusion pour disparaître dans les ombres.

Pendant la bagarre, l’inspecteur Lassigny s’est discrètement fait enlever par ses deux contacts. Il reprend conscience à la cour des miracles, dans une grande salle dont on ne peut dire si elle est à l’extérieur au carrefour de plusieurs rues, ou dans un bâtiment gigantesque. Partout, des gueux de toutes sortes observent la scène depuis des balcons, fenêtres, toits. Au centre se trouve un trône situé au sommet d’une petite pyramide. Le Roi Pourpre, alias Michel de Mortfeu est assis sur le siège. Il explique à l’inspecteur que les Gris Manteaux ont récemment transporté et installé de nombreuses pierres noires dans les sous-sols de Paris. Ils échappent totalement au contrôle du Roi Pourpre qui propose donc une association à l’inspecteur.

Les personnages se rendent chez Joseph Jérôme Le François de Lalande, un astronome parisien à qui Di Piedra Sangra a rendu visite. Ils découvrent son laboratoire, un véritable enchevêtrement de machines étranges et de cartes du ciel. L’astronome prétend pouvoir prévoir par un savant calcul la configuration du ciel stellaire pour une période donnée, non sans quelque erreur. C’est alors que l’une des cartes présentes sur la table rappelle de vieux souvenirs aux personnages : l’une d’elle correspond presque à la configuration représentée sur le sol de la chapelle St Aristide. Ils demandent alors à l’astronome s’il est possible de calculer la date correspondant au dessin qu’ils avaient précédemment recopié (voir Chapitre VII). De plus ils découvrent le dernier morceau de papier mentionnant la fin de l’énigme du moine : « l’heure des ténèbres ».

Le seul moyen d’en savoir plus est d’aller demander une audience à l’homme le plus intéressé par les prédictions à Paris : Richelieu lui-même. François et Rodrigue n’ont aucun mal à obtenir une audience, et Richelieu leur apprend à leur grande surprise qu’il sait où loge le moine (mais n’est-ce pas son rôle de tout savoir ?) : il est discrètement installé au monastère des Petits Frères, situé non loin de la Bibliothèque du Roy.

Les personnages s’y rendent rapidement, mais la cellule désignée est vide. Une fouille minutieuse révèle un petit message destiné à Benito : « Consulter le jardin secret de ton frère pour trouver l’ouvrage du passage vers la prière ». Les personnages ont l’idée de mettre les mots dans le désordre et parviennent à découvrir un passage secret menant du monastère à la bibliothèque.

Le sombre passage débouche au cœur de la bibliothèque dans une salle circulaire contenant des milliers d’ouvrages. Sur un fauteuil, le cadavre du frère Benito Di Piedra Sangra semble perdu dans une contemplation extatique de ces connaissances accumulées. Les personnages sont finalement rattrapés par leurs poursuivants : une meute de Gris Manteaux menée par le terrifiant Gauecko. Un terrible combat s’engage. Rodrigue s’aperçoit rapidement que la bête est complètement invulnérable. Benito décide de tracer une marelle magique permettant de neutraliser le monstre. Pendant ce temps, François et Lassigny luttent farouchement contre les sbires en gris. Le monstre parvient à mettre le feu à la bibliothèque, alors que François livre un double duel sur l’un des balcons supérieurs. Finalement le pouvoir de la Marelle est déclenché, ce qui permet à Rodrigue de Zamora et au Comte de Frégnac de vaincre le Gauecko.

Les prophéties de Nostradamus restant introuvables, les personnages ont l’idée de changer l'ordre des mots du message laissé par le moine: L'heure de Notre Dame vous prédiront les siècles des ténèbres... Ils décident de se rendre directement à Notre Dame, plus précisément au sommet du clocher. Là ils découvrent une horloge similaire à celle de la chapelle St Aristide, qui révèle enfin un ancien recueil de parchemins. Sur les dernières pages qui semblent blanches, ils utilisent le révélateur pour mettre à jour la onzième centurie, celle des ténèbres.